Asamblea General: es la máxima autoridad con plenitud de facultades para resolver los asuntos de esta, de conformidad al acta constitutiva, y el presente estatuto, y se integra con todos sus miembros activos y exoficio, reunidos previa convocatoria.
Junta Directiva: actúa por delegación de la Asamblea General como encargada de velar por el cumplimiento de la política institucional y los objetivos de CEPRESI.
Dirección Ejecutiva: tiene atribuciones y facultades de apoderado General de administración. Es la instancia responsable técnica, administrativa y financiera para hacer cumplir, de forma propositiva, las directrices, políticas, normas y planes de trabajo que los órganos de gobierno dictaminen para alcanzar sus objetivos.
Asesoría legal:es responsable defender los intereses de CEPRESI en todo tipo de procedimientos legales. Estudia y resuelve los problemas legales, contratos, convenios y normas.
Equipo Mejora de la Calidad: es responsable de dar seguimiento a la implementación de todas las actividades descritas en el Programa Gestión de Calidad y de mantener informada a la dirección ejecutiva de su implementación y avances. Promueve la Mejora Continua de la Calidad.
Dirección de Proyectos: es responsable de la ejecución de los proyectos y del funcionamiento de la Unidad de Atención Integral, así como del seguimiento al cumplimiento de los resultados y metas. Brinda asistencia técnica a las OSC en la ejecución de proyectos. La Dirección de Proyecto tiene bajo su responsabilidad a los siguientes departamentos:
- Departamento de Atención Integral: es responsable de asegurar la organización y funcionamiento de los servicios de promoción, prevención, diagnóstico y atención integral de las ITS/VIH/Sida, a poblaciones clave, PVVIH, y poblaciones más expuestas al riesgo.
- Departamento de Gestión del Conocimiento: es responsable de desarrollar acciones dirigidas a identificar, adquirir, sintetizar, organizar, compartir, utilizar y desarrollar el conocimiento estratégico, en beneficio de la organización, sus servicios, usuarios, colaboradores y beneficiarios, con el fin de que los procesos, mejores prácticas y experiencia técnica, contribuyan a mejorar el desempeño organizacional de CEPRESI.
División de Planificación, Monitoreo y Evaluación: es responsable de coordinar los procesos relacionados con la planificación, monitoreo y evaluación de los programas y proyectos, asegurando la disponibilidad de los subsistemas de información, así como la gestión y asignación de recursos de la cooperación, a fin de contribuir al logro de los objetivos y metas de CEPRESI.
Tiene bajo su responsabilidad a la Oficina de Planificación, Monitoreo y Evaluación.
- Oficina de Planificación, Monitoreo y Evaluación: es responsable de coordinar y organizar la planificación, el monitoreo y evaluación de programas, proyectos, y planes operativos, para determinar el cumplimiento de objetivos metas, y resultados.
División Administrativa Financiera: es responsable de la administración transparente y eficiente de los recursos financieros, humanos y materiales de CEPRESI, asegura el cumplimiento de las políticas, normas y procedimientos de control interno administrativo financiero, a fin de contribuir al logro de los objetivos institucionales. Esta División tiene bajo su responsabilidad las siguientes Oficinas.
- Oficina de Finanzas: es responsable del seguimiento a la formulación, programación y ejecución del presupuesto anual, el desembolso, transferencia de fondos y ejecución financiera del mismo, así como el control de las operaciones contables, que facilite la toma de decisiones.
- Oficina de Recursos Humanos: es responsable de asegurar los procesos de gestión de recursos humanos: reclutamiento y selección; contratación; administración; evaluación al desempeño; desarrollo del talento humano; así como la gestión del clima laboral, seguridad e higiene laboral.
- Oficina de Servicios Generales: es responsable de garantizar la gestión de servicios generales y apoyo logístico a las diferentes áreas de la organización, contribuyendo al funcionamiento operativo de CEPRESI.
- Oficina de Contrataciones: es responsable de coordinar la elaboración del Plan Anual de Compras (PAC), la revisión y actualización de las normas y procedimientos para la contratación de bienes, obras y servicios establecidas en el PAC, verificando la aplicación de las normas y procedimientos establecidos por CEPRESI, a fin de contribuir con el cumplimiento de los planes y proyectos gestionados por la institución.